1.变压器每侧的额定电压和额定电流是不相等的，所以每侧电流互感器的型号必然不同，每侧的三相接线方式也不相同，所以每侧相电流的相位可能一致也可能不一致，这样会增加外部短路时的不平衡电流。所以变压器纵差保护的最大系数比发电机大，灵敏度相对较低。
2.变压器绕组中往往有调压抽头，其中一部分需要调节负荷，使已经调整平衡的变压器纵差保护二次电流再次被破坏，不平衡电流增大，会相应增大变压器纵差保护的最小动作电流和制动系数。
3.对于定子绕组的匝间短路，发电机差动保护根本不起作用。变压器各侧绕组的匝间短路通过变压器铁心磁路的耦合改变了各侧电流的大小和相位，使变压器纵差保护对匝间短路有效。
4.无论是变压器绕组还是发电机定子绕组开焊，它们的完全纵差保护都不能起到保护作用，但变压器也可以依靠气体保护或压力保护。
5.变压器纵差的保护范围除了每侧绕组外，还包括变压器铁心，即变压器纵差的保护区域内不仅有电路，还有磁路，这显然违背了纵差保护的理论基础(基尔霍夫电流定律)。但是，发电机的纵差保护对象只与线路相连。无故障时，无论外部发生什么故障，各相电流的矢量和始终为零。