在这样的历史背景下，吴澄提出我国的两化融合已经步入新的发展阶段，即深度融合阶段。他阐述道，信息化自从30多年前开始推行以来，如今已经渗透进了中国社会的各个角落，离开信息化社会，一切将无法正常运行。然而，信息化的发展并不均衡，信息化的发展需要从以下两个方面引导：一是在广度和深度上，强调借助深度优势带动广度发展；二是从依赖国外的信息技术与产品推动信息化，转向依靠自主品牌的产品来推动信息化。
吴澄的深度分析显示，两化融合进入深度融合的高级阶段后，将在技术、产品、管理模式、效益、人才队伍以及国家政策支持等诸多方面产生变化。
在技术层面，两化融合将从初级的单一信息技术应用，逐步演变为初级的集成应用，进而朝向更高级的集成与协同方向迈进，产品全生命周期管理、网上协同设计等，都是这一过程的具体呈现。
在产品方面，从提高产品研发速度与研发水平，发展至在产品中大规模运用嵌入式系统，令产品具备自动化、智能化、网络化的功能，大大提升产品的信息化含量，进而形成具备自主知识产权的产品，从而获得更高的附加值。
在管理和业务流程上，从初级的运用信息技术支持业务的高效运作，发展至推动新型生产模式的构建与企业业务的重新调整，甚至有可能发展到在整个社会范围内实现制造资源的优化整合。新兴的云计算就是这一方面的经典案例。在无处不在的信息服务和云计算技术及平台的支撑下，实现组织的扁平化，降低管理成本，提高管理效率，提高自主创新管理的实时性与组织沟通的成效；充分利用和挖掘信息资源，将计算智能与人的智慧相结合，支持智慧型的企业经营管理决策，提高企业对市场的快速响应能力。
在效益方面，从初级的降低单个企业的产品成本、提高产品质量、提高管理效率等战术层指标，发展至应用信息技术提升企业的战略核心竞争力，让企业获得战略性收益，并通过为产业链上的各个环节提供透明的及时信息服务，提高产品制造、物流、管理的精益化水平。
在人才队伍方面，企业的信息化人才队伍将从最初的依赖外部技术力量，逐步转变为企业自身信息化队伍的发展壮大。
随着两化融合进程的深入推进，从初期的鼓励企业实施两化融合，发展到全面推广企业、行业、区域的两化融合的试点和示范工程；从鼓励企业采用先进的信息化技术与软件提升企业的信息化水平，发展到鼓励与促进具有自主知识产权的国产工业软件做大做强；不断完善和修订相关的法规与政策，以促进“两化融合”进程更加健康、有序、高效地发展。
要实现两化的深度融合，离不开工业软件。吴澄认为，工业软件是两化深度融合的明证。工业软件是推动两化融合朝高级阶段发展的强大引擎。
工业软件主要可划分为两大部分：其中之一是部署在工业产品内部的嵌入式软件，它们深入到工业产品当中，实现各类设备、机械以及系统运转的数字化、自动化以及智能化的应用软件；另一部分则是涵盖从产品设计（CAD）、供应链管理（SCM），到制造执行系统（MES）和产品全生命周期管理（PLM）等全过程的支撑性软件。
工业软件及其应用技术已然成为现代企业的核心竞争力所在，科技领域的发展趋向包括网络化、可信化、服务化、工程化以及体系化等方面。相较于国内企业，跨国公司在工业软件的应用中始终保持着主导地位，而国产工业软件的品种相对较少，功能尚待完善，在核心技术方面尚未实现创新与突破，其研发及推广应用的进度与工业发展和制造业发展的需求存在明显差距。
为了迎合经济全球化的发展趋势，并在竞争激烈的市场环境下求得生存和发展，中国工业软件企业迫切需要加强自身实力。吴澄教授提出，应当从以下几个关键环节着手：
首先，要在自主创新上发力，突破软件核心技术，塑造民族品牌效应。国产工业软件需投入大量的资金和人力资源用于技术创新，攻克关键技术和核心技术，从而与国际品牌展开正面竞争。
其次，应实施重大专项计划，逐步由技术驱动模式转变为应用驱动。国家应优先考虑那些能直接刺激内需、具备迅速形成产业化能力的软件项目，通过重大专项的实施，提升基础软件的自主创新能力，从而为我国工业软件的发展注入有力支持。
再次，需要开发满足各行业需求的基础平台软件及解决方案软件。要破除传统思维模式，擅长将行业资产进行固化、通用化和平台化处理，使各类软件能够通过整合，支持各种应用，实现互通互联，打造符合不同行业、不同应用的国产软件解决方案。
最后，编制切实可行的我国工业软件发展总体规划。切勿急功近利，盲目推广，而是应在充分研究与分析的基础上，明确定位重点，踏踏实实地在技术和市场两个方面取得稳定的立足点。
此外，吴澄教授还特别强调了安全问题。他将工业企业信息化软件划分为三个层次——现场控制层、优化调度层以及管理层，并着重指出，目前安全形势较为严峻的是现场控制软件。倘若实时控制软件的安全未能得到妥善保障，一旦遭受破坏，将会对工艺流程、安全生产乃至国家安全造成重大影响，必须引起高度警惕。
