随着我国的科学技术水平不断提高，相应地，各行业对电子显微镜的需求呈现出不断增长的态势。目前电子显微镜已经打破生物学的领域局限，可以被广泛应用于医学、农业、材料科学、冶金、化学、制药、半导体、电子器件和公安等领域中进行物质成分、结构和状态分析。
尤其在医学领域，透射电子显微镜突破了光学显微镜分辨率低的限制，成为了诊断疑难肿瘤的一种新的工具。利用电子显微镜，通过对超微结构的精细观察，寻找组织细胞的分化标记，可以准确诊断和鉴别相应的肿瘤类型，为肿瘤的诊断和治疗提供科学依据。
另外，在刑事案件技术检验中，电子显微镜起着重要作用。比如某地发生爆炸案，由于爆炸会对现场造成巨大破坏，一些证据会被毁灭，这时候可以利用电子显微镜对爆炸残留物进行观察分析，有效确定炸药的成分、种类，进而给侦查案件提供方向，为破案提供证据。
当下，我国对电子显微镜的需求广阔，制造生产电镜的国产企业数量在持续增加，这对我国的电镜行业发展有推动作用。但是，我国电镜的生产技术水平总体上还未达到国际市场平均水平，这使得国产电镜市场化、产业化较慢。
另外，在国内还未形成完整的产业链背景下，又遭受了国外电镜品牌强大实力的打压，造成我国电镜生产企业发展不景气。目前为止，我国能够与国外其他企业媲美，在市场上与国外品牌竞争的电镜生产企业还只有北京中科科仪有限公司能够做到。总之，我国在电镜生产方面还有巨大的发展空间。
电镜深耕纳米领域 向网络化发展 　　未来，电镜产业主要朝向两方面发展。首先，电子显微镜将在纳米领域有更广泛的应用。纳米技术是用单个原子、分子制造物质的科学技术，而只有利用电子显微镜，才可以观察到纳米相和纳米线的高分辨电子显微镜像、纳米材料的电子衍射图以及电子能量损失谱。纳米技术不断引发一系列新的科学技术，像纳米物理学、纳米生物学、纳米化学、纳米电子学和纳米计量学等，这对电子显微镜的要求也在提高。今后，电子显微镜的精度会更高，观察范围也更广。
其次，电子显微镜分析工作逐步迈向计算机化和网络化。如今已是互联网时代，各行各业都需要与时俱进，运用互联网思维来运营。电子显微镜的操作系统已经与互联网融合，使用全新的智能操作界面，用户只需要轻轻按动鼠标，就可以实现电镜镜筒和电气部分的控制以及各类参数的自动记忆和调节。另外，电镜行业准备去创造不同地区的电镜网络连接，实现对电镜的遥控作用。